因水而生，以河为源，追求长治久安，河长制的出现有其必然趋势。生态文明建设是以生态环境质量提升与改善为基础，在环境污染治理、机制体制创新、文明意识引导等方面进行系统推进建设。其中，以水环境系统治理、水生态长效管理为目标，在全国范围内推行的河长制，是对生态文明建设体制机制的重要创新和补充。
从2003年浙江长兴县在全县范围内对城区河流试行河长制，到2007年无锡市为应对太湖水质恶化在太湖流域推行河长制，再到2016年12月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于全面推行河长制的意见》，要求各地区各部门结合实际认真贯彻落实。紧接着的2017年元旦，习近平总书记在新年贺词中发出“每条河流要有‘河长’了”的号令。自此，河长制成为全国推广的一种创新机制。
河长制是在中国面临重大水环境危机的历史阶段，在基层的实践工作中所诞生并提炼升华的一种管理机制。河长制来源于基层实践，适用于中国水环境管理的现状，并有很大的提升和创新空间。
在新时代下，社会的主要矛盾已经转变为人民日益增长的美好生活需要和不平衡不充分发展之间的矛盾。这种对美好生活的需求在生态环境方面更为突出，特别是水环境方面的需求。河道湖泊的治理直接影响到人民对美好生活的感知和环境治理的体验。
现阶段，社会关注、百姓关切的突出问题就是生态环境质量改善。近几年，在区域联动治理之下大气污染防治效果明显，进而水的系统治理问题更加凸显，成为人民关切的话题。在传统方式收效不显著的时候，各级政府需要探索治水的体制机制创新，从政治的高度、系统的视角推动社会突出环境问题的有效解决。所以河长制出现的主要原因之一也是为了解决人民对美好水环境的需求与河湖污染严重之间的矛盾，解决社会发展不平衡不充分的矛盾。
当生态文明建设进入实质攻坚阶段，很多历史积累的环境问题摆在了眼前，而水与各类环境问题有直接或间接的关联，水的好坏直接决定了生态文明建设的成败。在水利、环保、住建等部门分割治水的历史背景下，点状的治理与管理已无法解决水的系统性难题，而系统治理需要建立新的治理机制来完成。
2014年3月14日，中央财经领导小组第五次会议，习近平总书记提出了“节水优先、空间均衡、系统治理、两手发力”的新时代治水方针，这也是我国下一阶段治水管水的纲领性思想。
作为生态文明建设的重要环节，河长制是以水环境、水资源、水生态的系统优化为最终目的，是当下最符合习近平总书记“系统治理”理念的创新机制之一。河长制工作落实的情况直接关系到水生态环境的治理效果，关系到生态文明建设的落地。
过去水资源管理责任归口水利部门，而水污染防治、水的利用等则以环保、住建为责任部门，各个部门有自己的管水思维，形成九龙治水但都治不好的局面。当下，明确了以河长制为“牛鼻子”，建立统筹协调机制，水利部门在水资源管理上从工程管理向水务服务的思维转变，其他各部门的管理思维也在转变。同时，河长制的具体工作很多是社会管理，在水资源管理、水环境治理、水生态修复等方面由政府主导和兜底转变为社会共同参与、人民群众共同担当的管理模式。
“三分治、七分养”，落实河长制就是在政府主导治理工作的同时，更要由政府引导公众的参与，推行长效的河道养护机制，以水文化、水文明为牵引，让护水管水成为百姓意识里时尚、文明的主流思想，调动人民群众的主人翁意识，强化社会参与的力度，构建社会管理的公众参与模式。
河长制不仅仅是治水管水，也是社会管理工作的重要部分，推动社会管理思维与模式的转变。
全面推广建立河长制的初心，是以水环境、水生态、水资源的系统治理为目标，在河流治理与管理上实施党政同责，清晰明确政府对河流的完全责任，保障人民享有更大的水生态环境权益。只有回归河长制的初心，才能读懂河长制、弄通河长制、落实河长制。